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pisa数据库怎么下载

pisa数据库怎么下载

介绍:pisa是什么数据库

PISA是 Protein Interactions by Structural Matching 的简称,是一种在线三维蛋白质结构数据库,由斯坦福大学的生命科学部门和加州大学旧金山分校主持,旨在提供具有良好验证能力和覆盖范围的蛋白质相互作用数据库,以促进结构基础上的生物学理解与系统生物学的研究。该数据库的数据源包括PDB等结构数据库,通过分析蛋白质三维结构及相应的活性位点信息,可用于人类药物靶点预测、蛋白质工程及合成生物学等地方的研究。

步骤:如何下载PISA数据库?

第一步:打开PISA数据库下载页面 http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/download.html

第二步:带注释的蛋白质结构文件,PISA输入文件、输出文件和图形化接口,可从PISA下载页面免费获得。

第三步:如果您希望使用本地化的PISA数据库(PISA保持PDB最新的一份数据集在当前生物学课题的背景下进行讨论),可以下载一个近期的数据库快照,存储了PISA数据库的所有数据。最新的快照为2019年8月。请注意,该版本的快照不受上游数据质量的控制。

技巧:如何使用PISA数据库?

利用PISA可以获取蛋白质三维结构及其配合物之间的相互作用信息,支持以下功能:

1. 预测蛋白质与另一配体运动的自由能

2. 分析两个受体中的任意一个和两个受体中的所有界面,并估算相对热力器和化学电位对受体之间的作用的贡献。

3. 分析蛋白质剪切位点进行蛋白质纯化。

4. 预测一个给定结构对应于不同四聚体对的不同或称为 assemlies 的可能性,并给出单独每个四聚体的接口面积,类似于细胞生物学中的多部件组装体的情况。

应用:PISA数据库的应用场景

PISA数据库可以应用在很多领域,如:

1. 生物科学研究领域。通过三维蛋白结构预测蛋白与配体的作用模式,从而实现对蛋白的乙型肝炎病毒和人体细胞蛋白等的预测。

2. 药物研发领域。通过对药物作用于受体的机制进行分析,预测需要设计的化合物能否与给定结构的受体配合以产生有效的药理作用。

3. 智慧医疗领域。由于特定分子分子之间的交互可描述细胞如何协调进行生命所必需的功能,因此可以识别新的药物靶点,进而推动个性化药物研究和医疗服务发展。

总结:PISA数据库值得一试!

通过本文的介绍和应用实例,我们可以发现PISA数据库具有强大的功能和广泛的应用场景,无论是从科学研究领域到药物研发,PISA都可以发挥对应用的巨大作用。因此,值得生命科学工作者尝试使用PISA数据库,更好地进行科研或者创新的工作。